Universitas Cenderawasih telah melakukan kerja sama dengan UNICEF melakukan pemandangan MoU degan melibatkan beberapa lembaga seperti Institut Pertanian Bogor (IPB), Bappedas dan Badan Gizi Nasional dalam rangka membentuk Regional Center of Excellence Universitas Cenderawasih (RCoE UNCEN) pada tanggal 8 Juli 2025 di Ruang Senat Rektorat Kampus Universitas Cenderawasih. Maksud pembentukan RCoE-UNCEN adalah untuk memperkuat kerja sama penelitian (research collaboration) dan mengimplementasikan Tri Dharma Perguruan Tinggi dengan fokus kegiatan pada penguatan program makanan bergizi gratis (MBG) di Papua. Penandatanganan MouU dihadiri oleh perwakilan UNICEF, IPB, BAPPENAS dan Badan Gizi Nasional (BGN), serta akademisi Universitas Cenderawasih serta terdapat beberapa utusan dari pemerintah Provisi Papua, Kabupaten Jayapura dan Kota Jayapura.
Melalui SK Rektor Universitas Cenderawasih No. 288/UN20/OT/2025 mengenai Pendirian Pusat Unggulan UNCEN , maka legalitas RCOE-UNCEN telah ada dimana dalam keanggotaannya terdiri dari beberapa pusat studi yang ada di lingkungan Universitas Cenderawasih.

